L’altération du tracé du cours d’eau est un paramètre qui vise à évaluer si le cours d’eau n’a subi aucune modification d’origine humaine. Les cours d’eau peuvent subir des modifications de leur tracé pour accommoder les humains. Ils sont de plusieurs types :
Ces différents types d’altération rendent les rives du cours d’eau artificielles et les privent d’échanges nécessaires avec l’eau.
Cours d'eau altéré
Un cours d’eau présentant un tracé naturel et n’ayant subi aucune modification assurera aux espèces de poissons la possibilité de trouver les abris nécessaires à leur survie. De plus, des rives naturelles assurent au cours d’eau un apport suffisant en nutriments et de l’ombrage. Un cours d’eau présentant des berges bétonnées ne pourra pas offrir un habitat viable aux poissons parce que les échanges entre le cours d’eau et ses rives sont absents.
Le paramètre « Altération du tracé du cours d’eau » est qualifié d’« Optimal » lorsque le cours d’eau ne présente aucune transformation d’origine humaine ; on peut dire qu‘il est à l’état naturel. À l’inverse, il sera qualifié de « Pauvre » si plus de 80 % du cours d’eau est canalisé ou perturbé, si le cours d’eau est anormalement droit ou encore si plusieurs transformations sont observables et si les berges sont soutenues artificiellement par du béton ou un enrochement.